ISSとスペースシャトルで排水の処理の方法が若干異なります。

ISSの場合

初期段階では、尿などの不要な液体はタンクに貯蔵され、満タンになるとプログレス補給船に搭載して大気圏に突入させて廃棄していましたが、2009年からは米国のトイレで回収された尿は、米国の水再生システムWRS（Water Recovery System）でリサイクルして飲料水にまで再生できるようになりました。
ロシア側モジュールでは除湿により回収した水（凝縮水）は、ズヴェズダ（ロシアのサービスモジュール）にあるエレクトロンと呼ばれる酸素発生装置で電気分解して呼吸用の酸素を得るために使われているほか、2002年秋からは一部をリサイクルして飲料水にもしていました。
米国側モジュールでは除湿により回収した水（凝縮水）は、以前は水タンクに詰めてズヴェズダ内に運び込み、エレクトロンや凝縮水処理装置で処理していましたが、2009年から米国の水再生システムWRSを使って、尿と共に飲料水にまで再生処理できるようになりました。

スペースシャトルの場合

尿および除湿により得られた水などは排水として汚水タンクに貯め、定期的に船外へ排出します（Waste Waterダンプといいます）。
スペースシャトルの場合、燃料電池から水が豊富すぎるほど生成されるので、水の再利用は行いません。
また、余った水は、水タンクから船外へ排出しています（Supply Waterダンプといいます）。
また、ISSへの飛行の場合は、これらの余った水をISSに搬入して補給しています。