ISSはその名のとおり国際協力により建設されるとともに、その運用も国際協力により実施されます。

日本、米国、カナダ、ロシアの各国およびヨーロッパの参加国を代表する機関である欧州宇宙機関（ESA）は、独自の運用施設を用意し、その施設を通じてそれぞれが建設に関与した部分の運用を実施します。

ISS全体の運用については米国が中心となってとりまとめています。
ISS滞在クルーは毎朝、その日の作業を確認するために、Daily Planning Conferenceを行っています。

これは、ヒューストン、ハンツビル（実験運用を取りまとめる米国のセンター）、筑波、ミュンヘン（ドイツ）、モスクワ（ロシア）の管制官と順番に簡単な調整を行い、英語、ドイツ語、日本語、ロシア語での挨拶が行われる国際色豊かな交信です。実際の作業の指示は、ロシアとの交信がロシア語で行われる以外は、英語で行われています。